Nach dem Fall der Mauer entsprach die Gestaltung des Alexanderplatzes, die von den Idealen der sozialistischen Stadtplanung der 1970er-Jahre geprägt war, nicht mehr dem Bild der wiedervereinigten Hauptstadt. Schon 1993 wurde deshalb ein Ideenwettbewerb veranstaltet, in dem fünf Architekten ihre Entwürfe vorstellten. Zwischen dem aufgeregt dekonstruktivistischen Entwurf von Daniel Libeskind und dem großstädtischen Plan des Berliner Architektens Hans Kollhoff, der eine achtgeschossige Randbebauung des Platzes mit 150 Meter hohen Türmen vorsah, lagen Welten. Der Masterplan sah eine dichte Hochhausbebauung vor. Kollhoffs Entwurf wurde vom Senat zur Grundlage der weiteren Planungen gemacht, aber die geplanten Hochhäuser ließen lange auf sich warten, die Planungen sollten sich stärker am Bestand orientieren. Nachdem 2015 der Masterplan überprüft wurde, wurden die Ergebnisse eines Workshops 2016 vom Senat beschlossen.
Dennoch hat sich am Alexanderplatz in den letzten zwei Jahrzehnten viel verändert: Seit 1998 führt die Straßenbahn wieder über den Platz. Auch baulich veränderte sich der Platz, besonders mit dem Umbau des Centrum Warenhauses als „Galeria“ 2004 durch den Berliner Architekten Jan Kleihues und der Neugestaltung der Platzfläche nach Entwurf von gmp (von Gerkan, Marg und Partner). Die Pflasterung aus gelbem Granit im Zentrum und grauem Mosaikpflaster an den Rändern fasste den Platz neu ein. Mit der Eröffnung des Einkaufszentrums „ALEXA“, einer der größten Shopping Malls Berlins, wurde der „Alex“ zum Einkaufsmagneten. Bald darauf begann die Firma Hines mit dem Bau eines „die mitte“ genannten Gebäudes, das den Platz nach Osten abschließt und Einzelhandelsflächen bietet. Eine Tiefgarage unter der Alexanderstraße wurde 2010 eröffnet und die darüber liegende Alexanderstraße von einer Breite von 100 Metern auf 58 Meter verschmälert.
Das Hotelhochhaus, das bis zum Bau der neuen Türme am Alex die Silhouette des Platzes prägt, bekam 2005 eine neue Fassade. Ein Teil des Sockels hingegen wich einer 35 Meter hohen neuen Blockbebauung nebenan.
Der Hochhausbau am Alex kommt erst jetzt, eine Generation nach Kollhoffs Plänen, in Schwung: Von den geplanten 13 Hochhäusern blieben zehn, für acht Türme existiert bereits Baurecht. Speziell der Architektenwettbewerb für ein 39-geschossiges Wohnhochhaus, den der Star-Architekt Frank Gehry gewann, sorgte für Aufsehen. Gebaut werden aber zuerst die beiden Hochhäuser am Hotel Park Inn nach dem Entwurf von Sauerbruch und Hutton sowie an der Gruner-Ecke Alexanderstraße. Dieser kolbenartige Turm wurde von den österreichischen Brüdern Ortner & Ortner entworfen. Darin finden 370 Wohnungen Platz, der Alex bekommt dadurch wieder mehr Anwohner.
Seit 2021 wird das Kaufhaus Galeria Kaufhof in Richtung Karl-Liebknecht-Straße erweitert und an der Ecke Dircksen-/Karl-Liebknecht-Straße ein 135 Meter hohes Hochhaus integriert.
Damit erfüllt sich die städtebauliche Vision der 1990er-Jahre sukzessive und der Alexanderplatz wächst zu Berlins sichtbarstem Geschäftszentrum heran.